舌咽神经痛有反复发作史，复发无规律，疼痛的缓解期随着病程延长逐渐缩短甚至消失。疼痛的分布在舌根、扁桃体区及咽部，累及耳内及下颌角的内侧者，为侵及到迷走神经的耳支和咽支。睡眠时常有发作。