1．胆管结石开腹胆道探查取石术有较大的盲目性和局限性，并发症也较多。纤维胆道镜用于胆道探查取石、取异物、止血，也可在术中指引狭窄段胆管的扩张，或经肝实质切开处或肝断面取出胆管结石。胆道镜经T管窦道取出残留结石是传统胆道探查术的重要补救措施。

2．胃癌随着胃镜技术的完善，早期胃癌的诊断率已明显提高。这些早期胃癌可以行内镜黏膜切除术（endoscopicmucosalresection，EMR）。

3．泌尿外科疾病泌尿外科是内镜技术应用最为广泛的临床科室之一，约90％以上的泌尿外科手术均可通过内镜来完成。泌尿系结石已经很少需要开放手术。经皮肾镜、输尿管镜、膀胱镜或腹腔镜，可采用气压弹道、液电、超声、激光等方法碎石，清除绝大多数肾、输尿管或膀胱结石。

自20世纪70年代以来，经尿道前列腺电切术已经成为治疗良性前列腺增生症的标准术式，外科医生已很少实施开放手术来摘除前列腺。

内镜技术在泌尿系肿瘤的治疗中占有重要地位。膀胱癌根据其不同分期，可以选择不同的内镜治疗，如浅表性膀胱癌可经尿道作膀胱肿瘤电切术。

4．胸外科疾病如食管镜用于食管息肉、早期肿瘤性病变切除，等；支气管镜应用于支气管病变的切除、止血或支气管狭窄球囊扩张等。