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小肠是食物消化和吸收的主要部位。生理情况下，肠道内有很多细菌，肠屏障能阻止肠道内细菌、毒素外溢至肠道外。除胰液、胆汁和胃液可继续在小肠内起消化作用外，小肠黏膜腺体也分泌含有多种酶的碱性肠液，其中最主要的是多肽酶（肠肽酶），其能将多肽分解为可被肠黏膜吸收的氨基酸。食糜在小肠内分解为葡萄糖、氨基酸、脂肪酸后，即被小肠黏膜吸收。除食物外，小肠还吸收水、电解质、各种维生素，以及脱落的消化道上皮细胞所构成的大量内源性物质。成人这些内源性物质的液体量估计每天达8000ml左右，因此在小肠疾病如肠梗阻或肠瘘发生时，可引起严重的营养障碍和水、电解质平衡失调。

小肠的大量内分泌细胞具有分泌激素的功能，现已知的肠道内分泌有生长抑素、促胃液素、缩胆素、胰液素、胃动素、抑胃多肽、神经降压素、胰高血糖素等。它们的生理功能有的比较明确，有的尚不完全清楚。这些激素具有调节消化道功能的作用。

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