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小肠分十二指肠、空肠和回肠三部分，正常成人小肠全长约5.5m，但个体差异很大。十二指肠起自胃幽门，止于十二指肠空肠曲，全长约25cm，十二指肠和空肠交界处位于横结肠系膜根部，被十二指肠悬韧带（Treitz韧带）所固定。空肠和回肠盘曲于横结肠系膜下区的腹腔内，呈游离的肠袢，仅通过小肠系膜附着于腹后壁。空肠与回肠间并无明确的解剖标志，小肠上段2/5为空肠，下段3/5为回肠。空肠肠腔较宽，壁较厚，黏膜有许多高而密的环状皱襞，隔着肠壁即可摸到这些皱襞，肠道愈向下则皱襞愈低而稀，至回肠远端常消失。回肠末端通过回盲瓣与盲肠连接。

空肠和回肠血液供应来自肠系膜上动脉，该动脉从腹主动脉分出，在胰腺颈部下缘穿出，跨过十二指肠横部，进入小肠系膜根部；分出胰十二指肠下动脉、中结肠动脉、右结肠动脉、回结肠动脉和12～16支空肠、回肠动脉；各支相互吻合形成动脉弓，最后分出直支到达肠壁。近端小肠的动脉仅有初级动脉弓，直支较长，故系膜血管稠密，愈向远端则可有2级和3级动脉弓，因而分出的直支较短。小肠的静脉分布与动脉大致相同，最后汇合成肠系膜上静脉，其与肠系膜上动脉并行，在胰颈的后方与脾静脉汇合形成门静脉。

空肠黏膜下有散在性孤立淋巴小结，至回肠则有许多淋巴集结（Peyer集结）。小肠淋巴管起始于黏膜绒毛中央的乳糜管，淋巴液汇集于肠系膜根部的淋巴结，再经肠系膜上动脉周围淋巴结，腹主动脉前的腹腔淋巴结而至乳糜池。

小肠接受自主神经支配，交感神经的内脏神经以及部分迷走神经纤维在腹腔动脉周围及肠系膜动脉根部组成腹腔神经丛和肠系膜上神经丛，然后发出神经纤维至肠壁。交感神经兴奋使小肠蠕动减弱，血管收缩，迷走神经兴奋使肠蠕动增强，肠腺分泌增加。小肠的痛觉由内脏神经的传入纤维传导。

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