病原微生物是引起泌尿、男生殖系统感染的重要病原生物条件，最常见为来自肠道的细菌，以革兰阴性杆菌为主，60％～80％为大肠埃希菌，其他为副大肠埃希菌、克雷伯杆菌、变形杆菌、产碱杆菌、铜绿假单胞菌等。革兰阳性菌引起的感染约20％，包括葡萄球菌、链球菌、粪链球菌等。还有结核分枝杆菌、淋病奈瑟菌、衣原体、支原体、厌氧菌、真菌、病毒等。其中，结核分枝杆菌、淋病奈瑟菌等所致泌尿、男生殖系统感染属特异性感染。其他的病原体如滴虫、原虫导致的感染较少。

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