慢性胰腺炎的病变程度轻重不一。炎症可局限于胰腺小叶，也可累及整个胰腺。基本病变是胰腺腺泡萎缩，弥漫性纤维化或钙化；胰管有多发性狭窄和囊状扩张，管内有结石、钙化和蛋白栓子。胰管阻塞区可见局灶性水肿、炎症和坏死，也可合并假性囊肿。上述改变具有进行性和不可逆性的特点。后期胰腺变硬，表面苍白呈不规则结节状，胰腺萎缩和体积缩小。自身免疫性胰腺炎组织学表现为非钙化性胰腺腺管的破坏和腺泡组织的萎缩，组织病理学显示有淋巴细胞、浆细胞的浸润，同时可见纤维化。