急性胰腺炎本是化学性炎症，但在病程中极易感染，是病情向重症发展、甚至死亡的重要原因之一。其感染源多来自肠道。预防胰腺感染可采取：①导泻清洁肠道，可减少肠腔内细菌过生长，促进肠蠕动，有助于维护肠黏膜屏障。可给予33%硫酸镁每次30～50ml/次或芒硝。在此基础上，口服抗生素可进一步清除肠腔内及已进入门静脉系统的致病菌。②尽早恢复肠内营养，有助于受损的肠黏膜修复，减少细菌移位。

胰腺感染后，应选择针对革兰阴性菌和厌氧菌的、能透过血胰屏障的抗生素，如喹诺酮类或头孢类联合抗厌氧菌的甲硝唑。严重败血症或上述抗生素无效时应使用亚胺培南等。此外，如疑有真菌感染，可经验性应用抗真菌药。