军团菌是机会致病菌，是人类单核细胞和巨噬细胞的间性细胞内寄生菌。感染后的发病情况与细菌量的多少、菌株毒力的大小、及机体抵抗力的强弱有重要关系。当大量的毒力大的细菌进入肺泡被肺泡内的巨噬细胞吞噬，抑制巨噬细胞与容酶体的融合，从而细菌在细胞内生长繁殖，最后细胞被破坏，细菌又被释放引起新一轮吞噬，如此往返，病情不断加重。（T淋巴细胞激活后的吞噬细胞对军团菌有抑制作用，肿瘤坏死因子、干扰素、白介素-2可增加效应细胞活性，有助于细菌的清除）。
　　军团菌主要侵犯肺部，引起严重的肺炎和支气管炎，并导致全身多系统地损害。如胸膜、肝脏、肾脏、心脏、神经系统。好发于体弱和免疫力低下者