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地方性甲状腺肿的最常见原因是碘缺乏病（iodine deficiency disorders，IDD）。多见于山区和远离海洋的地区。碘是甲状腺合成甲状腺激素的重要原料之一，碘缺乏时合成甲状腺激素不足，反馈引起垂体分泌过量的TSH，刺激甲状腺增生肥大。甲状腺在长期TSH刺激下出现增生或萎缩的区域、出血、纤维化和钙化，也可出现自主性功能增高和毒性结节性甲状腺肿。

WHO推荐的成年人每日碘摄入量为150μg.尿碘是监测碘营养水平的公认指标，尿碘中位数（MUI）100～200μg/L是最适当的碘营养状态。一般用学龄儿童的尿碘值反映地区的碘营养状态：MUI＜100～80μg/L为轻度碘缺乏，MUI＜80～50μg/L为中度碘缺乏，MUI＜50μg/L为重度碘缺乏。甲状腺肿的患病率和甲状腺体积随着碘缺乏程度的加重而增加，补充碘剂后，甲状腺肿的患病率显著下降。部分轻度碘缺乏地区的人群在机体碘需要增加的情况下可出现甲状腺肿，如妊娠期、哺乳期、青春期等。碘与甲状腺肿的患病率呈现一条U字形曲线。即碘缺乏时，甲状腺肿的患病率增加，称之为"低碘性甲状腺肿".随着摄碘量的增加，甲状腺肿的患病率逐渐下降，达到5%以下（即U的底端）。如果碘摄入量再继续增加，甲状腺肿的患病率则回升，部分学者称这类甲状腺肿为"高碘性甲状腺肿".

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