HLA基因位于人6号染色体短臂（6p21）上，HLA-Ⅰ类和HLA-Ⅱ类抗原与BMT密切相关。HLA-A、B和C属Ⅰ类抗原，DR、DQ、DO、DN和DP属Ⅱ类抗原。临床上常指的三个抗原为A、B和DR.过去HLA分型用血清学方法，现多采用DNA基因分型。同胞间HLA相合几率为25％。无血缘关系间的配型，必须用高分辨分子生物学方法。HLA基因以4位数字来表达，如A*0101与A*0102.前两位表示血清学方法检出的A1抗原（HLA的免疫特异性），称低分辨。后两位表示等位基因，DNA序列不一样，称高分辨。无血缘供者先做低分辨存档；需要时再做高分辨；受者应同时做低分辨和高分辨。

HLA相合的重要性已获公认。如HLA不合，GVHD和宿主抗移植物反应（host-versus graft reaction，HVGR）均增加。

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