电生理检查的并发症相对较低，但在严重的或失代偿性心脏病患者中，并发症发生的风险明显增加。电生理检查的主要并发症包括血管损伤如假性动脉瘤、动静脉瘘、血肿、出血、肺栓塞、系统性血栓性栓塞、深静脉血栓形成、全身感染、穿刺部位感染、气胸、心脏穿孔及填塞、卒中、心肌梗死、完全性房室传导阻滞、束支传导阻滞等。