原则参考年龄、症状轻重，病变部位和范围以及对生育要求全面考虑。
　　症状轻微者采用非手术疗法。
　　有生育要求的轻度患者先行激素治疗，病变较重者可行腹腔镜下手术或保守性剖腹术。
　年轻无继续生育的重度患者采用保留卵巢功能手术，症状和病变较严重的无生育要求患者行根治性手术。
　　（一）非手术疗法：
　　1.随访观察：适用于病变轻微、无症状或轻微症状者，一般可每数月随访一次 如痛可用消炎痛观察。
　　2.药物疗法：主要有假孕疗法和假绝经疗法。
　　1）假孕疗法：1956年kistner首先发表应用孕酮和雌激素模拟孕期变化，使异位内膜出现蜕膜样变，局限性坏死和腺体萎缩消退，称为假孕疗法。
　　常用药物：1960年合成高效孕激素使效果增强。
　　18—甲基炔诺酮0.3mg，炔雌醇0.03mg，连用6~12个月，近期有效率70%~80%，受孕率20%~40%，失败率68%左右。
　　安宫黄体酮20mg~30mg，连续服用6个月。
　　18—甲基三烯炔诺酮（gestrinone）内美通（Nemestran）通过抑制垂体促性腺激素，使CH及FSH下降，进一步抑制卵巢功能，导致血内E2水平降低。另一方面直接抑制子宫内膜及异位病灶，导致闭经。用药量：每周二次，每次2.5mg，六个月一疗程。副作用为男性化表现。也有因雌激素低引起的潮热、乳房缩小等症状。
　　2）假绝经疗法：（pseudo menopause therapy）
　　达那唑（ danazol）为合成的17a—乙炔睾酮衍生物，具有轻度雄激素作用。此药能阻断下丘脑促性腺激素释放激素和垂体促性腺激素的合成和释放，直接抑制卵巢甾体激素合成，以及有可能与靶器官性激素受体相结合，从而使子宫内膜萎缩，导致患者短暂闭经，故将达那唑治疗称为假绝经疗法。
　　适用于轻度或中度子宫内膜异位症但痛经明显或要求生育的患者。用量每日口服400mg，持继服药六个月。副反应，男性化表现，多能耐受。应自月经恢复正常2次后再考虑受孕为宜。促性腺激素释放激素激动剂（GnRh-a）
　　长期连续服用GnRh-a，垂体GnRh受体被此激素全部占满和耗尽以后，将对垂体产生降调作用，即垂体分泌的促性腺激素减少，从而导致卵巢分泌的性激素下降，出现暂时性绝经，故又称此疗法为“药物性卵巢切除（medical oophorectomy）。
　　剂型两种：鼻腔喷雾剂和皮下注射针剂。
　　用量：喷雾剂一次200~400mg，每日三次。
　　皮下注射100 mg，每日一次。
　　连用六个月，副作用为低雌激素的绝经肌症状。
　　（二）手术治疗：
　　保留生育功能手术：适用年轻有生育要求妇女和药物治疗无效者。尽量切除病灶而保留子宫及双侧附件或一侧附件。
　　腹腔镜手术：妊娠率达59%，比剖腹术后妊娠率52%要高。
　　保留卵巢功能手术：适用于年龄在45岁以下，无生育要求。切除子宫及病灶，至少保留一侧或部分卵巢。但有复发之可能。
根治性手术：适用45岁以上近绝经期的重症患者。将子宫双附件及盆腔内膜异位病灶切除。术后3~6个月可补充E-P激素药物，预防骨质疏松状及减轻绝经后症状，过早补充性激素不利于消除残存的异位病灶。
　　鉴于子宫内膜异位症的治疗中有不少矛盾，制定治疗方案较为困难，故在治疗前最好给病人及其家属说明内膜异位症的特点，患者的具体病情，不同处理方案的利弊以及选择，以便病人理解配合治疗，从而获得较满意的疗效。