1.非特异性慢性盆腔炎
　　慢性盆腔炎多有分娩、流产、急性盆腔炎病史，经量一般较多，闭经极少见；而生殖器结核多为不孕、经量减少甚至闭经，盆腔检查时有时可触及结节。
　　2.子宫内膜异位症
　　子宫内膜异位症与生殖器结核的临床表现多有相似之处，如低热、痛经，盆腔有粘连、增厚及结节等。但子宫内膜异位症痛经为继发性并进行性加重，经量较多，经诊断性刮宫、子宫输卵管碘油造影及腹腔镜检查多能确诊
　　3.卵巢肿瘤
　　结核性包裹性积液时应与卵巢囊肿相鉴别，根据发病过程、有无结核病史、B型超声检查协助鉴别；结核性炎性附件包块表面不平，有结节感或乳头状突起，应与卵巢癌相鉴别。临床上有时将卵巢癌误认为盆腔腹膜和生殖器结核，长期采用抗结核治疗，以致延误病情，甚至危及患者生命，故诊断困难时，可作腹腔镜检查或剖腹探查以确诊。
　　4.宫颈癌
　　宫颈结核可有乳头状增生或表浅溃疡，与宫颈癌有时不易鉴别，应作宫颈刮片行细胞学检查及宫颈活组织检查。