在遗传咨询过程中，必须遵循以下原则：

1．尽可能收集证据原则 进行遗传咨询，首先要尽可能地获得正确的诊断。确切的诊断不仅对发病风险的推算是重要的，而且对未来准确地产前诊断也是必要的。为了获得准确的诊断，除了要了解有关的病例资料外，还必须尽可能多地获得其他资料，如死者的照片、尸检报告、医院记录以及以往基因诊断为携带者检测报告等，这些都可为诊断提供肯定或否定的信息。流产、死胎等不良分娩史也有重要的意义。

2．非指令性咨询原则 在遗传咨询的选择中，没有绝对正确的方案，也没有绝对错误的方案。因此，非指令性原则一直是医学遗传咨询遵循的原则，同时也被世界卫生组织遗传咨询专家委员会认可。2003年我国卫生部颁布的《产前诊断管理办法》中明确提出医生可以提出医学建议，患者及其家属有选择权。

3．尊重患者原则 忧虑、有罪感、羞耻感等是咨询者在咨询过程中常见的表现，在对疾病不了解和等待诊断结果期间更是如此。因此，在咨询过程中，必须将咨询者本人的利益放在第一位，针对所暴露出来的疑问，有目的地予以解释，最大限度地减少咨询者及其家属的忧虑。

4．知情同意原则 为了不伤害病人的感情，防止病人希望破灭，家属常希望医生不要告知病人真相。随着现代道德标准的变化，告知真相已成为合乎道德的职责。特别是对于产前诊断技术及诊断结果，经治医师应本着科学、负责的态度，向孕妇或家属告知技术的安全性、有效性和风险性，使孕妇或家属理解技术可能存在的风险和结果的不确定性。

5．守密和信任原则 保守秘密是遗传咨询的一种职业道德。在未经许可的情况下，将遗传检查结果告知除了亲属外的第三者，包括雇主、保险公司和学校等是对这一原则的破坏。