尚未完全清楚，一般认为与下列两种因素有关。

　　1.遗传因素 本病为多基因遗传病，父或母有本病史者，其子代发病率可高达7%左右；母亲有本病史的子代发病机会比父亲有本病史者为高。

　　2.胃肠激素及其他生物活性物质紊乱 研究注意到：患儿幽门环肌中的脑啡肽、P物质和血管活性肠肽有不同程度的减少；血清促胃液素升高、前列腺素水平增高；使用外源性前列腺素E维持动脉导管开放时容易发生本病；幽门组织一氧化氮合酶减少等。

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