1.诊断具有持续或反复发作腹泻和黏液脓血便、腹痛、里急后重，伴有（或不伴）不同程度全身症状者，在排除菌痢、阿米巴痢疾、慢性血吸虫病、肠结核等感染性结肠炎及Crohn病、缺血性结肠炎、放射性结肠炎等的基础上，可按下列标准诊断：
1）根据临床表现、结肠镜检查所见①②③三项中之一项和（或）黏膜活检，可以诊断本病。

2）根据临床表现、钡剂灌肠检查所见①②③三项中之一项，可以诊断本病。

3）临床表现不典型而有典型结肠镜或钡剂灌肠所见者，可以诊断本病。

4）临床表现有典型症状或典型既往史，而目前结肠镜或钡剂灌肠所见无典型改变者，应列为"疑诊".应强调，本病并无特异性改变，各种病因均可引起类似的肠道炎症改变，故只有在认真排除各种可能有关病因后才能作出本病诊断。一个完整的诊断应包括其临床病程、病情程度、病变范围及疾病分期。

2.鉴别诊断本病需与下列疾病鉴别：
1）慢性细菌性痢疾常有急性菌痢病史，粪便培养可分离出痢疾杆菌，结肠镜检查时取黏膜脓性分泌物培养的阳性率较高，抗菌药物治疗有效，一般应能根治。

2）慢性阿米巴痢疾病变主要侵犯右侧结肠，也可以累及左侧结肠，结肠溃疡较深，边缘潜行，溃疡间的黏膜多属正常。粪便检查可找到溶组织内阿米巴滋养体或包囊，通过结肠镜取溃疡渗出物作镜检更易找到阿米巴滋养体。抗阿米巴治疗有效，且有根治效果。