1．右膈下脓肿易误诊的主要是肝上间隙的膈下脓肿，此类脓肿往往继发于化脓性腹膜炎，其全身症状和局部体征常比肝脓肿轻，但右肩牵涉痛较显著。X线胸片有时可见膈下有气液平面，膈肌轮廓模糊，B超检查往往提示脓肿位于肝实质之外，CT检查可见脓肿呈新月状，鲜有类圆形者，此与肝脓肿不同，决定性诊断有时需依赖手术检查。
2．肝癌病程较慢且无急性感染表现。当肝癌并发高热或癌块坏死合并感染时，可导致误诊。
3．胆道感染胆道结石尤其是肝内胆管结石病人存在严重胆道感染时可能并发肝脓肿，需加以注意。X线检查无膈肌升高、运动受限表现，B超检查肝区也无液性暗区可资鉴别。