（1）中枢神经系统 儿童期由于血脑屏障尚未发育完全，通透性较强，导致某些药物容易透过血脑屏障，这对于治疗儿童颅内疾患有一定益处。但是，如果药品选择及使用不当则易引起神经系统不良反应。如抗组胺药、氨茶碱、阿托品等可致昏迷及惊厥；氨基糖苷类抗生素引起第8对脑神经损伤；四环素、维生素A等可致婴幼儿良性颅压增高、囟门隆起等。

（2）内分泌系统 儿童期内分泌系统不够稳定，许多激素和抗激素制剂会扰乱儿童内分泌，导致甲状腺、甲状旁腺、肾上腺、垂体等功能发生变化，影响生长发育。糖皮质激素可影响糖、蛋白质、脂肪代谢，长期服药会导致发育迟缓、身材矮小、免疫力低下。人参、蜂皇浆等中药可影响垂体分泌；促性腺激素的药物可影响儿童性腺发育，导致儿童性早熟；对氨基水杨酸、磺胺类可抑制甲状腺激素合成，造成生长发育障碍。

（3）血液系统 正常人体血细胞是在骨髓及淋巴组织内生成，胎儿刚出生时全身骨髓普遍能够生成血细胞，5岁后由四肢远端向心性退缩。儿童期骨髓造血功能较为活跃，但容易受到外界因素影响。儿童使用某些药物可引起贫血、红细胞增多、粒细胞减少、过敏性紫癜、再生障碍性贫血等不良反应。如氯霉素可引起再生障碍性贫血。

（4）水盐代谢 儿童期体内电解质调节及平衡功能较差，易致脱水与电解质紊乱。因此对泻下药、利尿药比较敏感。长期禁食容易出现低血钾、严重呕吐常导致低钠血症、腹泻患儿容易出现脱水、酸中毒。因此儿童不宜轻易使用泻下药。小儿钙盐代谢旺盛，易受药物影响。如苯妥英钠影响钙盐吸收，糖皮质激素在影响钙盐吸收的同时，还影响骨骼钙盐代谢，导致骨质疏松、脱钙，严重者发生骨折，影响生长发育。四环素与钙盐形成络合物，伴随钙盐沉积于牙齿及骨骼中，致使儿童牙齿黄染，影响骨质发育。