胺碘酮的药理学特征复杂，作用多样，由于半衰期长，胺碘酮潜在的器官毒性比半衰期短的药物更严重，也更难处理。大多数不良反应经过减量或停药可以逆转，严密随访观察即可。(1)胺碘酮引起的肺毒性（15%～20%）的症状和体征缺乏特异性，起病隐匿，最短见于用药后1周，多在连续应用3～12个月后出现。早期表现为咳嗽，但病情发展时可出现发热和呼吸困难，表现为急性肺炎(2%～5%)，长期治疗发生率会更高。胺碘酮诱发急性肺炎后所致的成人呼吸窘迫综合征多见于术后即刻，特别是心脏手术。该药还可引起的慢性肺间质纤维化，一旦出现肺部不良反应，应予停药。糖皮质激素治疗胺碘酮的早期肺毒性可能有效。目前临床实践中主张使用小剂量维持，肺毒性的发生率大大降低。(2)严重消化系统不良反应是肝炎和肝硬化。静脉应用发生肝脏损害较口服多见，如AST及ALT升高达2倍以上，应考虑肝炎的可能。胺碘酮引起的肝炎可能是致命的。(3)甲状腺功能异常较常见，可以是甲状腺功能亢进也可以是甲状腺功能减退。甲状腺功能减退的发生可能比较隐蔽，可应用左甲状腺素治疗，使TSH正常化；而甲状腺功能亢进比较难处理，可加重心房颤动或出现快速室性心律失常，故应停用胺碘酮。由于碘化钠的吸收被胺碘酮分子中的碘化物所抑制， 所以不能进行131I放射治疗。胺碘酮所致的甲状腺功能亢进一般是甲状腺炎，所以糖皮质激素可能有效。丙硫氧嘧啶和他巴唑可以作为间歇治疗措施。如果无法停用胺碘酮，可以考虑甲状腺次全切除术，以逆转甲亢。(4)静脉使用胺碘酮的主要副作用是低血压和心动过缓，减慢静脉推注速度、补充血容量、使用升压药或正性肌力药可以预防，必要时采用临时性起搏。静脉推注可以诱发静脉炎，因此应选用大静脉稀释后缓慢注射。