长期或高剂量使用PPI可引起患者尤其是老年患者髋骨、腕骨、脊椎骨骨折。连续使用3个月以上可导致低镁血症。在停止使用PPI后，血镁水平恢复正常的中位时间为1周。再次使用PPI并再次出现低镁血症的中位时间为2周。但绝大多数都是在使用1年后发生的。少见肠嗜铬细胞增生、高胃泌素血症、息肉胃部类癌。