因为每个化学药物都有特定的化学结构，为了明确的描述药物的化学结构，往往采用它的化学命名。

药物的化学名是根据药物的化学结构式来进行命名的，以一个母体为基本结构，然后将其他取代基的位置和名称标出。化学名称是国际专利药品名称，可参考国际纯化学和应用化学会（IUPAC）公布的有机化合物命名原则及中国化学会公布的“有机化学物质系统命名原则（1980年）”进行命名。因美国化学文献（CA）的应用范围日益扩大，已被广泛接收，而成为药品化学命名的基本依据之一。化学命名的基本原则是从化学结构选取一特定的部分作为母体，规定母体的位次编排法，将母体以外的其他部分均视为其取代基，对于手性化合物规定其立体构型或几何构型。