(1)同物异名，同名异物 如：益母草，在东北称坤草，浙江叫三角麻，青海叫千层塔。四川叫血母草。

(2)本草记载不祥，造成后世品种混乱 如：白头翁记载：凡草之有白毛者，以翁名之均可，故白头翁药材来源达20种以上。

(3)地方用药习惯不同，一药多基源：如：贯众达31种，沙参36种等。

(4)历史沿革，品种变迁 例如：白附子 历代为毛茛科黄花乌头的块根，近代全国绝大多数地区用天南星科独角莲的块根。

(5)有意掺假。