最常见的是革兰阴性杆菌。主要为大肠杆菌。其次有变形杆菌、克雷白杆菌、产碱杆菌等，球菌有粪链球菌、葡萄球菌等。变形杆菌和克雷白杆菌常见于尿路结石病人。绿脓杆菌和金黄色葡萄球菌常见于尿路器械检查后。