不孕症的鉴别诊断主要是病因的鉴别。以下就部分病因进行描述：

1、子宫内膜非典型增生

在不孕症女性中多囊卵巢综合征（PCOS）发病率很高，其中由于单一的雌激素作用，极易导致子宫内膜增生过长，严重者可致子宫内膜非典型增生，临床表现多为不规则出血及超声下子宫内膜增厚，分段诊断性刮宫及病理检查有助于诊断。

2、甲状腺及肾上腺功能失调

二者均可影响排卵而引起不孕症，通过临床表现及内分泌功能测定可除外相关疾病。

3、慢性消耗性疾病

慢性消耗性疾病可影响生殖功能，常见有肾病、系统性红斑狼疮、糖尿病等。