新生儿胃穿孔可分为自发性（特发性）、缺血性或创伤性，多数情况下病因是多因素的，由于胃过度膨胀或缺血损害造成。发生原因包括：缺血性发生在生理应激状态下，如早产、窒息、败血症和坏死性小肠结肠炎；先天性缺陷包括先天性胃壁肌层缺如、远端梗阻如幽门闭锁、十二指肠闭锁、中肠扭转、气管食管瘘；医源创伤性由口罩换气、正压通气、心肺复苏、插鼻胃管、阴道分娩过程中创伤造成；应用皮质激素和非类固醇抗感染药等。