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痢疾杆菌为本病病原体。属肠杆菌科志贺菌属，为革兰阴性杆菌。按其抗原结构和生化反应不同，目前本菌分为4群和47个血清型，即A群痢疾志贺菌、B群福氏志贺菌、C群鲍氏志贺菌、D群宋内志贺菌。我国多数地区多年来一直是B群福氏志贺菌为主要菌群，其次为D群宋内贺志菌，且有不断上升的趋势。近年来少数地区有A群痢疾志贺菌流行。各种痢疾杆菌均产生内毒素，是主要的致病因素；痢疾志贺菌还产生外毒素，具有神经毒、细胞毒和肠毒素作用，引起更严重的临床表现。

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