遗传因素

有些唇裂和腭裂的患者，在其直系或旁系亲属中可发现类似的畸形。多基因遗传性疾病

营养因素

维生素A、B₂、B₆、C、D、E及钙、磷、铁、泛酸、叶酸等缺乏时，发生包括腭裂在内的各种畸形

感染和损伤

母体在怀孕初期（12周内）如遇到某些损伤，或病毒感染性疾病如风疹等，也可能影响胚胎的发育而成为畸形发生的诱因

内分泌的影响

体内肾上腺皮质激素分泌增加，从而诱发先天性畸形

药物因素

环磷酰胺、甲氨蝶呤、苯妥英钠、抗组胺药物、美克洛嗪（敏克静）、沙利度胺

物理因素

胎儿发育时期，如孕妇频繁接触放射线或微波等有可能影响胎儿的生长发育而导致唇腭裂的发生

烟酒因素

妇女妊娠早期大量吸烟（包括被动吸烟）及酗酒，其子女唇腭裂的发生率比无烟酒嗜好的妇女要高